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長鏈非編碼RNA(lncRNAs)測序

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長鏈非編碼RNAs(lncRNAs)測序

產品描述信息

     長鏈非編碼RNAs(long non-coding RNAs, lncRNAs)是一類長度超過200ntRNA,且不參與編碼蛋白質功能(不含rRNA),廣泛分布于各種生物體內。lncRNAs參與表觀遺傳、轉錄以及轉錄后等多個水平的調控過程,在生命機體活動中起到重要的作用。lncRNAs測序是運用高通量測序技術結合先進的生物信息學分析,可以一次性獲得樣本中幾乎全部的lncRNAs信息,為您全面、深入地研究lncRNAs的功能提供了全新的工具與策略。

產品詳細信息

 

1、性價比高:最少量的樣品,一次測序可得到數百萬條序列,單次運行可經濟分析多個樣品;

2、技術穩定,建庫重復性好:同一樣本重復建庫相關性P值大于0.993

3、數據量產出大:基于高通量測序技術,可一次性獲得樣本中幾乎全部的lncRNA信息,有利于提高后續分析結果的準確性和全面性;

4、分析結果全面:不局限于對已知lncRNA的研究,還可預測和研究潛在的lncRNA分子; 

5、靈敏度高:數字化信號,靈敏度高,可以準確檢測到痕量表達的lncRNA

6、除人和鼠外,還可應用于其他真核物種,可共同制定定制化研究方案。

樣品類型:RNA

樣品濃度:≥200 ng/ul

樣品總量:≥15ug;單次文庫制備用量分別為5ug,為保證實驗的順利進行,因此需保證樣品總量大于3次以上的建庫用量(不包括樣品檢測損耗);

樣品純度:OD260/2801.8~2.2OD260/230≥1.0260nm處有正常峰值;無基因組DNA污染;

RNA完整性:電泳檢測28S/18S≥1.5。(據送樣日最近的電泳結果)

         采用RNA-seq測序技術,對14個中國前列腺癌病人的轉錄組進行全面分析,結果在每個樣本中平均發現了1599個已知的lncRNA。通過腫瘤樣本和正常樣本進行分析,發現了406個有差異表達的lncRNA。該研究找到了中國人群特異的融合基因,同時還鑒定了大量的差異表達的lncRNA。通過對lncRNA和基因表達的關系分析顯示,lncRNA有可能有轉錄調控之外的其他功能。這些研究結果為進一步了解前列腺癌的診斷、發病演化機制和種族差異性提供了新的線索。

圖1 137個差異表達的lncRNA對基因表達的分析顯示:其中23個lncRNA的表達和上百種基因的表達明顯相關,而其他的卻沒有明顯關系。這些數據表明lncRNA可能還擁有轉錄調控之外的其他功能

圖2 lncRNA中的DD3,FR0257520,FR0348383,MALAT1在前列腺癌和正常對照中的差異表達

[1]Lin M F, Regev A, Pauli A, et al. Systematic identification of long noncoding RNAs expressed during zebrafish embryogenesis[J]. 2013.

[2]Ren S, Peng Z, Mao J H, et al. RNA-seq analysis of prostate cancer in the Chinese population identifies recurrent gene fusions, cancer-associated long noncoding RNAs and aberrant alternative splicings[J]. Cell research, 2012, 22(5): 806-821.

[3]Pauli A, Valen E, Lin M F, et al. Systematic identification of long noncoding RNAs expressed during zebrafish embryogenesis[J]. Genome Research, 2012, 22(3): 577-591.

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